いや、マジに焦りましたよ。.htaccessをガガガッと書き換えてNucleusのディレクトリ名と設定を変更して、いざ見てみたらマッシロケなページが出るじゃないですか。
おかしいおかしいといろいろやったのですが何ら変わらない。
がちょーんとなったわけですが、よく見たらグローバル設定のところでのURL設定を変更するのを忘れていたというお粗末なミスが原因でした。
とりあえずそこを修正してどうにかこうにか運用にこぎつけたわけですが、今度はMovableTypeの管理画面にアクセスできなくなってしまいました。なんで？これは多分.htaccessの設定が間違っているからなんだろうから、もう一度見直ししてみないと…で、調べてみたら、.htaccessのRewriteEngineが悪さをしていたようで、それをコメントアウトしたらMovableTypeの管理画面に辿り着くことができました。めでたしめでたし。