Nucleusをデフォルト状態で稼動させるまではあっけないくらい簡単にできたので、後は自分の好みに合わせてカスタマイズする。
カスタマイズは大きく分けてプラグイン導入による機能の強化と外見の変更の二つに大別される。
1、プラグインの導入
プラグインは星の数ほどある。主要なものはNucleus(JP)フォーラムのプラグインのダウンロードやNucleus Wiki: プラグイン（日本語）でそろうと思う。ここでは誰でも入れると思われるTrackBackのプラグイン導入を例にとってみよう。
・Nucleus Wiki: プラグイン（日本語）に行ってNP_TrackBack.phpをダウンロードする。
・ダウンロードしたファイルを解凍し、Nucleus/pluginsディレクトリにコピーする。普通はないと思うが、パーミッションが644になっていないと組み込みに失敗するので確認しておいたほうがよい。
・Nucleusの管理画面にログインし、「プラグイン管理」の「プラグインのインストール」で、組み込みたいプラグインをインストールする。
これだけ！！だが、プラグインによってはスキンの編集が必要になるのは言うまでもない。
2、外見の変更
・スキンの編集は管理画面の「スキン編集」、テンプレートの編集は「テンプレート編集」で行う。これはMovableTypeなどでスタイルシートをいじったことのある人であればすんなり変更できる（と思う）。
・スタイルシートは、デフォルトのgreyの場合ではskins/greyディレクトリの中にgrey.cssという名前で入っている。3カラムにしたい場合などスタイルシートに修正を加える場合はここを修正する。
いや、簡単だけどこんなもんです。具体的な変更方法についてはググればいくらでも出てくるでしょう。MovableTypeの変更方法も十分参考になります。